El estamento universitario está compuesto por los docentes de todas las categorías, los graduados no docentes y los estudiantes de la misma Universidad, cuyos representantes legítimamente electos integrarán los órganos colegiados que gobiernan la Universidad Nacional de Itapúa y sus distintas Unidades Académicas.
El gobierno de la Universidad Nacional de Itapúa es ejercido por:
a) La Asamblea Universitaria;
b) El Consejo Superior Universitario;
c) El Rector;
d) Los Consejos Directivos de Facultades; y,
e) Los Decanos.
La Asamblea Universitaria
La Asamblea Universitaria está integrada por:
a) Los miembros Universitarios; en ejercicio del Consejo Superior
b) Dos miembros docentes, en ejercicio, del Consejo Directivo de cada Facultad, nombrados por este;
c) El miembro graduado no docente, en ejercicio, del Consejo Directivo de cada Facultad;
d) Un miembro estudiantil en ejercicio, del Consejo Directivo de cada Facultad, nombrado por este.
Es presidida por el Rector y en ausencia o impedimento de éste, por el Vice-Rector.
Consejo Superior Universitario
El Consejo Superior Universitario ejerce el gobierno de la Universidad Nacional de Itapúa en concordancia con la política universitaria definida por la Asamblea Universitaria y las disposiciones de este Estatuto.
El Consejo Superior Universitario está integrado por:
a) El Rector;
b) El Vice-Rector;
c) Los Decanos;
d) Un docente por cada Facultad;
e) Un graduado no docente;
f) Dos estudiantes.
Los miembros actuales de Consejo Superior Universitario son:
- Prof. Ing. Hildegardo González Irala: Rector – Presidente del Consejo Superior Universitario
- Prof. Dra. Yilda Agüero de Talavera: Vicerrectora
- Ing. Oscar Dionisio Trochez: Decano de la Facultad de Ingeniería
- Prof. Dr. Eligio Fretes Espínola: Decano de la Facultad de Medicina
- Dr. René Damián Arrúa Torreani: Decano de la Facultad de Ciencias Económicas y Administrativas
- Dr. Antonio Kiernyezny Rovate: Decano de la Facultad de Humanidades, Ciencias Sociales y Cultura Guaraní
- Abog. Gustavo Miranda Villamayor: Decano de la Facultad de Ciencias Jurídicas
- Dr. Hermenegildo Cohene Velázquez: Decano de la Facultad de Ciencias y Tecnología
- Ing. Agrón. Julio Ismael Rodas Balmaceda : Decano de la Facultad de Ciencias Agropecuarias y Forestales
- Ing. Javier Armando Morínigo Ayala: Miembro Docente de la Facultad de Ingeniería
- Dra. Lourdes Isabel Chamorro: Miembro Docente de la Facultad de Medicina
- Abog. Delia Yolanda Valenzuela de Rivas: Miembro Docente de la Facultad de Ciencias Económicas y Administrativas
- Lic. Sebastián Araujo Cabrera: Miembro Docente de la Facultad de Humanidades, Ciencias Sociales y Cultura Guaraní
- Dr. Hugo Ocampos Ramos: Miembro Docente de la Facultad de Ciencias Jurídicas
- Dr. Felipe Viedma: Miembro Docente de la Facultad de Ciencias Agropecuarias y Forestales
- Prof. Patricia Martínez Lovera: Miembro Docente de la Facultad de Ciencias y Tecnología
- Abog. Jorge Duarte Cohener: Miembro Graduado no Docente
- Univ. Brian Nuñez Oliveira (Facultad de Humanidades): Representante estudiantil titular
- Univ. María Leticia Rodas (Facultad de Humanidades, Ciencias Sociales y Cultura Guaraní): Representante estudiantil titular
- Univ. Esteban Urquia, (Facultad de Ciencias Jurídicas) Representante estudiantil titular
El Rector
El Rector de la Universidad Nacional de Itapúa es el Ing. Hildegardo González Irala y la Vicerrectora es la Dra. Yilda Agüero de Talavera, ambos reelectos para el período 2013-2018, en la cuarta Asamblea Universitaria, el pasado 30 de noviembre de 2012.
Para conocer mejor los Deberes y Atribuciones del Rector puede leer el sección del Estatuto de la Universidad Nacional de Itapúa donde se detallan cuáles son estos.
Los Consejos Directivos de Facultades
El Consejo Directivo de cada una de las Facultades de la Universidad Nacional de Itapúa está constituido por:
a) El Decano;
b) El Vice-Decano;
c) 5 (cinco) docentes en ejercicio de la cátedra;
d) 1 (un) graduado no docente; y,
e) 2 (dos) estudiantes.
Decanato
El Decano de una facultad permanece en sus funciones durante 5 (cinco) años, pudiendo ser reelecto. Para ser Decano se requiere ser Profesor Titular o Adjunto de la Facultad, tener nacionalidad paraguaya natural y poseer título máximo de esa Facultad o equivalente nacional o extranjero inscrito en la Universidad Nacional de Itapúa.
El actual equipo del decanato de las distintas Facultades de la UNI son:
Facultad de Medicina
- Decano: Dr. Eligio Fretes Espínola
- Vice-Decano: Dra. Liliana Centurión
Facultad de Ingeniería
- Decano: Prof. Ing. Oscar D. Trochez Valdez
- Vice-Decano: Prof. Ing. Glays Mingo
Facultad de Ciencias Económicas y Administrativas
- Decano: Dr. René Damián Arrúa Torreani
- Vice-Decano: Mg. Virgilio Noel Benítez Britez
Facultad de Humanidades, Ciencias Sociales y Cultura Guaraní de la UNI
- Decano: Dr. Antonio Kiernyezny Rovate
- Vice-Decano: MSc. Oscar A. Galeano Arzamendia
Facultad de Ciencias Jurídicas
- Decano: Abog. Gustavo Miranda
- Vice-Decano: Abog. Blas Eduardo Ramírez
Facultad de Ciencias Agropecuarias y Forestales
- Decano: Ing. Agrop. Julio Rodas Balmaceda
- Vice-Decano: Ing. Agron. Carlos Tanaka Aguirre
Facultad de Ciencias y Tecnología
- Decano: Prof. Dr. Hermenegildo Cohene Velázquez
- Vice-Decano: Máster Bioq. Viviana Marilyn Pacheco Figueredo