El proyecto de creación de la UNI fue presentado el 25 de marzo de 1995 por una Comisión Central Coordinadora, presidido por el abogado Lorenzo Zacarías López, entonces intendente de la Ciudad de Encarnación.
Un 19 de marzo de 1.998, sus autoridades llevan a cabo la primera Asamblea Universitaria para elegir sus autoridades. Fueron electos el Abog. Lorenzo Zacarías y el Ing. Hildegardo González Irala, como Rector y Vicerrector, respectivamente, en aquel entonces, iniciando así, en octubre la 1° etapa de gestión de gobierno 1998/2003.
El 7 de noviembre de 1996, el Consejo de Universidades resuelve la creación de las dos primeras carreras de Grado: Medicina e Ingeniería Electromecánica, simultáneamente, creándose así sus dos primeras facultades, Facultad de Ingeniería y Facultad de Medicina.
El 18 de diciembre del año 1997, según Acta Nº 41. se habilita la carrera de Ingeniería Comercial, dando así nacimiento a la tercera facultad de la UNI, Facultad de Ciencias Económicas y Administrativas. Más adelante, El Consejo de Universidades en su sesión del 30 de diciembre de 1998 – Acta Nº 44, aprueba la creación de la Facultad de Humanidades, Ciencias Sociales y Cultura Guaraní con su primera carrera, la Licenciatura en Bilingüismo Guaraní – Castellano.
Años más tarde y respondiendo a las necesidades regionales, el 30 de diciembre del 2003, nace la Facultad de Ciencias Jurídicas con la habilitación de su primera carrera de Derecho.
Para el 25 de febrero de 2005, la UNI se extiende hasta la ciudad de Concepción para llamar lista de los primeros 40 ingresantes de la carrera de Medicina, con sede habilitada en la Perla del Norte, por otro lado, el 16 de junio del 2005 ingresan los primeros 80 alumnos a la carrera de Ingeniería Agropecuarias y Forestales, creada por resolución Nº 062/2004, el 09 de marzo del 2004, con sedes en los distritos de Gral. Artigas y Natalio.
Más adelante, el 12 de septiembre del 2006, La Facultad de Ciencias y Tecnología de la Universidad Nacional de Itapúa es creada por resolución del Consejo Superior Universitario Nº 112/2006 con las carreras de Licenciatura en Electrónica, Licenciatura en Ciencia y Tecnología de la Producción Aplicada a los Alimentos, e Ingeniería Ambiental.
Al año siguiente, a partir del 18 de diciembre del 2007, la Administración de la UNI transfiere las gestiones administrativas, académicas y patrimoniales de la carrera de Medicina a la Universidad Nacional de Concepción (UNC), que fuera creada por Ley Nº 3.201 de ese año.
Actualidad
El Rector de la Universidad Nacional de Itapúa es el Ing. Hildegardo González Irala y la Vicerrectora es la Dra. Yilda Agüero de Talavera, ambos reelectos para el período 2013-2018, en la cuarta Asamblea Universitaria, el pasado 30 de noviembre de 2012.
El estamento universitario está compuesto por los docentes de todas las categorías, los graduados no docentes y los propios estudiantes, cuyos representantes legítimamente electos integran los órganos colegiados que gobiernan la UNI.
El gobierno Universitario está integrado por la Asamblea Universitaria, El Consejo Superior Universitario, El Rector, Los Consejos Directivos de las Facultades, Los Decanos. Se define como órgano legislativo al Consejo Superior Universitario y como ejecutivo el Rector.
La UNI se encuentra en el 2do. lugar en el «Ranking Mundial de Universidades” en Paraguay, verificado por medio de los sitios Webs», según el Laboratorio de Cibermetría, que pertenece al Consejo de Investigaciones Científicas, el mayor centro nacional de investigación de España que mide el nivel de impacto de los aportes generados por las universidades a la sociedad en todos sus aspectos: económico, cultural, nivel académico, de investigación, gubernamental, etc.
Actualmente, la Escuela de Posgrado ofrece cursos de diplomados, especializaciones, asimismo, cuenta con diversas maestrías, y doctorados en las áreas de las ciencias humanas, jurídicas, medio ambientales y sociales, que se desarrollan en forma exitosa tanto en la Escuela de Posgrado y en las diversas Facultades con un total de 1645 egresados hasta el año en curso.
La UNI cuenta ademas también con 30 profesores investigadores que desarrollan líneas de investigación vinculadas a las áreas de la Salud, agricultura, Pecuaria, Ciencias jurídicas, Economía, Tecnología de alimentos, Agua, Energía Educación y Desarrollo, Biodiessel, Hormigón, Hidráulica, y Electrónica.
La UNI integra la Asociación de Universidades Públicas del Paraguay (AUPP), emprende trabajos en conjunto con las Municipalidades y la Gobernación de Itapúa en un modelo de Gestión basado en alianzas estratégicas con el fin de articular y/o emprender diferentes proyectos de desarrollo, decidir acciones pertinentes al contexto regional y local y de impacto en la sociedad.
En el área internacional; en un proceso de búsqueda del mejoramiento de la calidad educativa, la UNI mantiene relacionamiento con prestigiosas instituciones de enseñanza superior y organizaciones mediante convenios de integración de Redes Universitarias internacionales y programas de movilidad estudiantil, de los cuales ya fueron beneficiados varios alumnos en nuestra prestigiosa casa de estudios.
